本仓库包含构建多种程序Docker镜像所需的Dockerfile和其他相关文件,供StaPH-B(州公共卫生实验室生物信息学)联盟成员使用。本仓库的目的是提供一个集中的Docker镜像位置,方便用户访问,并提供关于容器构建方式和使用方法的清晰文档。
每个Dockerfile都列出了特定Docker镜像的作者/维护者,但Docker镜像的作者/维护者如下:
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Docker用户指南
您也可以在Docker Hub上查看镜像列表:[***]
| 软件 | 版本 | 链接 |
|---|---|---|
| SRA-toolkit   | [] [] |
| Kraken  | [***] |
| SeqSero  1.3.1 (Racon) 2.13 (minimap2) | [] [] [***] |
| Roary  | [***] |
| Shovill ![docker pulls]([***] | 1.0.4 | [***] |
| BWA ![docker pulls]([***] | 0.7.17 | [***] |
| Samtools ![docker pulls]([***] | 1.9 | [***] |
| cfsan-snp-pipeline ![docker pulls]([***] | 2.0.2 | [***] |
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通常由 Docker 版本过低导致,需要升级到 20.x 或更高版本以支持 V2 协议。
先检查 Docker 版本,版本过低则升级;版本正常则验证镜像信息是否正确。
使用 docker tag 命令为镜像打上新标签,去掉域名前缀,使镜像名称更简洁。
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