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为StaPH-B联盟成员提供多种生物信息学工具的Docker镜像集合，集中管理便于访问，包含清晰的构建与使用文档，且支持Singularity兼容。
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StaPH-B Docker镜像集合

概述与主要用途

本仓库包含构建多种程序Docker镜像所需的Dockerfile及其他相关文件，这些程序供StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用。仓库旨在提供集中化的Docker镜像资源，方便用户访问，并包含关于容器构建方式和使用方法的清晰文档。

贡献方式

若您希望贡献Docker镜像或改进现有镜像，请fork本仓库，进行修改/添加，然后提交pull request。如遇现有镜像问题，请提交issue。我们欢迎所有反馈！
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Docker用户指南

我们还创建了用户指南，概述了使用和开发Docker容器的方法与最佳实践。
Docker用户指南

关于Singularity

对于许多无法使用Docker的用户，Singularity是替代方案。大多数Docker容器与Singularity兼容，可轻松转换为Singularity格式。请参阅上述用户指南，了解如何从Docker Hub下载镜像并使用Singularity运行。我们已确保容器兼容Singularity，若发现不兼容情况，请提交issue告知！

可用Docker镜像

![构建状态]([***]

软件版本链接
ABRicate
![docker pulls]([***]
  • 0.8.7
  • 0.8.13
  • 0.8.13s (+serotypefinder数据库)
  • 0.9.8
  • 1.0.0
[***]
ARIBA
![docker pulls]([***]
  • 2.14.4
[***]
artic-ncov2019
![docker pulls]([***]
  • 1.3.0
[***]
artic-ncov2019-medaka
![docker pulls]([***]
  • 1.1.0
[***]
artic-ncov2019-nanopolish
![docker pulls]([***]
  • 1.1.0
[***]
Augur
![docker pulls]([***]
  • 6.3.0
  • 7.0.2
  • 8.0.0
  • 9.0.0
[***]
Auspice
![docker pulls]([***]
  • 2.12.0
[***]
BBTools
![docker pulls]([***]
  • 38.76
  • 38.86
[***]
bcftools
![docker pulls]([***]
  • 1.10.2
  • 1.11
  • 1.12
[***]
bedtools
![docker pulls]([***]
  • 2.29.2
  • 2.30.0
[]
[]
BWA
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Canu
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  • 2.0
[]
[]
Canu-Racon
![docker pulls]([***]
  • 1.7.1 (Canu), 1.3.1 (Racon), 2.13 (minimap2)
  • 1.9 (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2)
  • 1.9i (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2), (+racon_preprocess.py)
  • 2.0 (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2)
[]
[]
[] (已归档)
[]
centroid
![docker pulls]([***]
  • 1.0.0
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CDC-SPN
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  • 0.1 (无版本号)
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cfsan-snp-pipeline
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  • 2.0.2
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Circlator
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Clustalo
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colorid
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cutshaw-report-env
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emm-typing-tool
![docker pulls]([***]
  • 0.0.1 (无版本号)
[***]
FastANI
![docker pulls]([***]
  • 1.1
  • 1.32
  • 1.33
[***]
FastTree
![docker pulls]([***]
  • 2.1.11
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FastQC
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  • 0.11.8
  • 0.11.9
[]
[]
Filtlong
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  • 0.2.0
[***]
Flye
![docker pulls]([***]
  • 2.5
  • 2.7
  • 2.8
[***]
hmmer
![docker pulls]([***]
  • 3.3
[***]
iqtree
![docker pulls]([***]
  • 1.6.7
[***]
iqtree2
![docker pulls]([***]
  • 2.1.2
[***]
iVar
![docker pulls]([***]
  • 1.1
  • 1.1 (+SARS-CoV2参考序列)
  • 1.2.1
  • 1.2.1 (+SC2参考序列)
  • 1.2.2 (+SC2参考序列和artic bed文件)
  • 1.3
  • 1.3.1
[***]
kma
![docker pulls]([***]
  • 1.2.21
[***]
Kraken
![docker pulls]([***]
  • 1.0
  • 1.0.0_wslh_signed
  • 1.1.1
  • 1.1.1 (无数据库)
[***]
Kraken2
![docker pulls]([***]
  • 2.0.8-beta (无数据库)
  • 2.0.8-beta (MiniKraken2_v1_8GB数据库)
  • 2.0.8-beta_hv (人类+病毒数据库)
  • 2.0.9-beta (无数据库)
  • 2.0.9-beta (Minikraken v2 RefSeq: 细菌、古菌、病毒和人类8GB数据库)
  • 2.1.0 (无数据库)
  • 2.1.1 (无数据库
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用户好评

来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务

oldzhang的头像

oldzhang

运维工程师

Linux服务器

5

"Docker加速体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"

用户评价详情

oldzhang - 运维工程师

Linux服务器

5

Docker加速体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。

Nana - 后端开发

Mac桌面

4.9

配置Docker镜像源后，拉取速度快了数倍，开发体验提升明显。

Qiang - 平台研发

K8s集群

5

轩辕镜像在K8s集群中表现很稳定，容器部署速度明显加快。

小敏 - 测试工程师

Windows桌面

4.8

Docker镜像下载不再超时，测试环境搭建更加高效。

晨曦 - DevOps工程师

宝塔面板

5

配置简单，Docker镜像源稳定，适合快速部署环境。

阿峰 - 资深开发

群晖NAS

5

在群晖NAS上配置后，镜像下载速度飞快，非常适合家庭实验环境。

俊仔 - 后端工程师

飞牛NAS

4.9

Docker加速让容器搭建顺畅无比，再也不用等待漫长的下载。

Lily - 测试经理

Linux服务器

4.8

镜像源覆盖面广，更新及时，团队一致反馈体验不错。

浩子 - 云平台工程师

Podman容器

5

使用轩辕镜像后，Podman拉取镜像稳定无比，生产环境可靠。

Kai - 运维主管

爱快路由

5

爱快系统下配置加速服务，Docker镜像拉取速度提升非常大。

翔子 - 安全工程师

Linux服务器

4.9

镜像源稳定性高，安全合规，Docker拉取无忧。

亮哥 - 架构师

K8s containerd

5

大规模K8s集群下镜像加速效果显著，节省了大量时间。

慧慧 - 平台开发

Docker Compose

4.9

配置Compose镜像加速后，整体构建速度更快了。

Tina - 技术支持

Windows桌面

4.8

配置简单，镜像拉取稳定，适合日常开发环境。

宇哥 - DevOps Leader

极空间NAS

5

在极空间NAS上使用Docker加速，体验流畅稳定。

小静 - 数据工程师

Linux服务器

4.9

Docker镜像源下载速度快，大数据环境搭建轻松完成。

磊子 - SRE

宝塔面板

5

使用轩辕镜像后，CI/CD流程整体快了很多，值得推荐。

阿Yang - 前端开发

Mac桌面

4.9

国内网络环境下，Docker加速非常给力，前端环境轻松搭建。

Docker迷 - 架构师

威联通NAS

5

威联通NAS下配置镜像加速后，Docker体验比官方源好很多。

方宇 - 系统工程师

绿联NAS

5

绿联NAS支持加速配置，Docker镜像下载快且稳定。

常见问题

Q1:轩辕镜像免费版与专业版有什么区别？

免费版仅支持 Docker Hub 加速，不承诺可用性和速度；专业版支持更多镜像源，保证可用性和稳定速度，提供优先客服响应。

Q2:轩辕镜像免费版与专业版有分别支持哪些镜像？

免费版仅支持 docker.io；专业版支持 docker.io、gcr.io、ghcr.io、registry.k8s.io、nvcr.io、quay.io、mcr.microsoft.com、docker.elastic.co 等。

Q3:流量耗尽错误提示

当返回 402 Payment Required 错误时，表示流量已耗尽，需要充值流量包以恢复服务。

Q4:410 错误问题

通常由 Docker 版本过低导致，需要升级到 20.x 或更高版本以支持 V2 协议。

Q5:manifest unknown 错误

先检查 Docker 版本，版本过低则升级；版本正常则验证镜像信息是否正确。

Q6:镜像拉取成功后，如何去掉轩辕镜像域名前缀？

使用 docker tag 命令为镜像打上新标签，去掉域名前缀，使镜像名称更简洁。

查看全部问题→

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Linux

在 Linux 系统配置镜像加速服务

Windows/Mac

在 Docker Desktop 配置镜像加速

Docker Compose

Docker Compose 项目配置加速

K8s Containerd

Kubernetes 集群配置 Containerd

宝塔面板

在宝塔面板一键配置镜像加速

群晖

Synology 群晖 NAS 配置加速

飞牛

飞牛 fnOS 系统配置镜像加速

极空间

极空间 NAS 系统配置加速服务

爱快路由

爱快 iKuai 路由系统配置加速

绿联

绿联 NAS 系统配置镜像加速

威联通

QNAP 威联通 NAS 配置加速

Podman

Podman 容器引擎配置加速

Singularity/Apptainer

HPC 科学计算容器配置加速

其他仓库配置

ghcr、Quay、nvcr 等镜像仓库

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