shinejh0528/snakemake Docker 镜像 - 轩辕镜像

Snakemake Docker镜像文档

镜像概述

本镜像提供Snakemake工作流管理系统的运行环境，包含多个版本以适应不同使用需求。镜像基于Snakemake 9.11.1构建，集成必要依赖工具，支持高效的工作流定义与执行。

版本信息

9.11.1

• 基础组件：
  • Python 3.13
  • Snakemake 9.11.1
  • Singularity（容器化工具）

9.11.1_for_tutorial

• 用途：适用于Snakemake官方基础教程（参考链接：[***]
• 基于9.11.1版本，额外包含：
  • samtools（序列分析工具）
  • bwa（序列比对工具）

核心功能与特性

• 支持Snakemake工作流的定义、执行与管理
• 集成Python 3.13运行环境，满足脚本执行需求
• 包含Singularity工具，支持容器化工作流组件
• 教程专用版本预置生物信息学工具（samtools、bwa），便于学习实践

使用场景

• 常规Snakemake工作流开发与运行
• 依赖Singularity的容器化工作流执行
• Snakemake官方基础教程（basics.html）的实操环境搭建

使用方法

基本要求

运行容器时必须添加--privileged选项，以支持Singularity功能。

启动命令示例

bash
docker run -it -v [宿主机路径]:[容器内路径] --privileged shinejh0528/snakemake:9.11.1 /bin/bash

参数说明

• -it：以交互模式运行容器并分配终端
• -v [宿主机路径]:[容器内路径]：挂载宿主机目录到容器内，用于数据共享
• --privileged：赋予容器扩展权限，确保Singularity正常工作
• shinejh0528/snakemake:9.11.1：镜像名称及版本（根据需求替换为9.11.1_for_tutorial）
• /bin/bash：启动后进入bash终端