shinejh0528/igblast Docker 镜像 - 轩辕镜像
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240305
igBLAST
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igblast for web
igblast manual docs
version
1.0.0 : ncbi-igblast-1.22.0-x64-linux
lasted release : NCBI igblast ftp
command example (for TCR)
you can find igblast directory at /usr/src/ncbi-igblast-1.22.0/
igblastn -germline_db_V /usr/src/ncbi-igblast-1.22.0/database/human/TR_V -germline_db_J /usr/src/ncbi-igblast-1.22.0/database/human/TR_J -germline_db_D /usr/src/ncbi-igblast-1.22.0/database/human/TR_D -organism human -query /usr/src/ncbi-igblast-1.22.0/test.fasta -show_translation -auxiliary_data /usr/src/ncbi-igblast-1.22.0/optional_file/human_gl.aux -ig_seqtype TCR
result
Database: /usr/src/ncbi-igblast-1.22.0/database/human/TR_V; /usr/src/ncbi-igblast-1.22.0/database/human/TR_D; /usr/src/ncbi-igblast-1.22.0/database/human/TR_J 388 sequences; 85,560 total letters Query= tset Length=151 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value TRBV2*01 87.5 4e-20 TRBV2*03 86.0 1e-19 TRBV2*02 82.9 1e-18 TRBD1*01 10.3 3.7 TRBD2*01 10.3 3.7 TRBJ2-5*01 89.1 1e-21 TRBJ2-1*01 35.3 2e-05 TRBJ2-7*01 35.3 2e-05 Domain classification requested: imgt V-(D)-J rearrangement summary for query sequence (Top V gene match, Top D gene match, Top J gene match, Chain type, stop codon, V-J frame, Productive, Strand, V Frame shift). Multiple equivalent top matches, if present, are separated by a comma. TRBV2*01 TRBD1*01,TRBD2*01,TRBD2*02 TRBJ2-5*01 VB No In-frame Yes + No V-(D)-J junction details based on top germline gene matches (V end, V-D junction, D region, D-J junction, J start). Note that possible overlapping nucleotides at VDJ junction (i.e, nucleotides that could be assigned to either rearranging gene) are indicated in parentheses (i.e., (TACT)) but are not included under the V, D, or J gene itself GGAAG N/A GGGGG AGAAGG CAAGA Sub-region sequence details (nucleotide sequence, translation, start, end) CDR3 GCCAGCAGGGAAGGGGGGAGAAGGCAAGAGACCCAGTAC ASREGGRRQETQY 53 91 Alignment summary between query and top germline V gene hit (from, to, length, matches, mismatches, gaps, percent identity) FR3-IMGT 7 52 46 45 1 0 97.8 CDR3-IMGT (germline) 53 65 13 12 1 0 92.3 Total N/A N/A 59 57 2 0 96.6 Alignments <------------------FR3-IMGT------------------><--------------CDR3-IMGT--------------><---- T I R S T K L E D S A M Y F C A S R E G G R R Q E T Q Y F G Query_1 7 GACGATCCGGTCCACAAAGCTGGAGGACTCAGCCATGTACTTCTGTGCCAGCAGGGAAGGGGGGAGAAGGCAAGAGACCCAGTACTTCGG 96 V 96.6% (57/59) TRBV2*01 231 ..A...................................................T....------------------------------- 289 K I R S T K L E D S A M Y F C A S S E V 96.6% (56/58) TRBV2*03 231 ..A...................................................T...-------------------------------- 288 V 98.1% (53/54) TRBV2*02 231 ..A...................................................------------------------------------ 284 D 100.0% (5/5) TRBD1*01 7 -----------------------------------------------------------.....-------------------------- 11 D 100.0% (5/5) TRBD2*01 10 -----------------------------------------------------------.....-------------------------- 14 D 100.0% (5/5) TRBD2*01 11 -----------------------------------------------------------.....-------------------------- 15 J 100.0% (46/46) TRBJ2-5*01 3 ----------------------------------------------------------------------.................... 22 J 88.9% (24/27) TRBJ2-1*01 14 -------------------------------------------------------------------------------....T...... 24 J 88.9% (24/27) TRBJ2-7*01 11 -------------------------------------------------------------------------------........... 21 ------FR4-IMGT----------> P G T R L L V L Query_1 97 GCCAGGCACGCGGCTCCTGGTGCTCG 122 J 100.0% (46/46) TRBJ2-5*01 23 .......................... 48 J 88.9% (24/27) TRBJ2-1*01 25 ......G..A......---------- 40 J 88.9% (24/27) TRBJ2-7*01 22 ...G.....CA.....---------- 37 Lambda K H 1.10 0.333 0.549 Gapped Lambda K H 1.08 0.280 0.540 Effective search space used: 9158436 Total queries = 1 Total identifiable CDR3 = 1 Total unique clonotypes = 1 Database: /usr/src/ncbi-igblast-1.22.0/database/human/TR_V Posted date: Mar 5, 2024 7:24 AM Number of letters in database: 79,811 Number of sequences in database: 285 Database: /usr/src/ncbi-igblast-1.22.0/database/human/TR_D Posted date: Mar 5, 2024 7:24 AM Number of letters in database: 74 Number of sequences in database: 6 Database: /usr/src/ncbi-igblast-1.22.0/database/human/TR_J Posted date: Mar 5, 2024 7:24 AM Number of letters in database: 5,675 Number of sequences in database: 97 Matrix: blastn matrix 1 -1 Gap Penalties: Existence: 4, Extension: 1
shinejh0528/django
提供Django开发和运行环境，支持Web服务器部署（如runserver/gunicorn）、数据持久化及邮件发送功能，便于快速搭建Django应用环境。
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shinejh0528/mysql
MySQL数据库Docker镜像，支持自定义my.cnf配置、数据卷持久化存储数据库数据，可设置root用户初始密码，适用于需要快速部署且灵活配置的MySQL环境。
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shinejh0528/nginx
这是一个nginx服务器Docker镜像，支持自定义配置文件和日志路径，提供HTTP(80端口)和HTTPS(443端口)服务，适用于Web服务器部署和反向代理场景，支持容器内配置修改与服务重启。
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shinejh0528/pipeline_runner_snakemake
用于Snakemake工作流语言的管道运行器，集成Python、Snakemake和Singularity等工具，支持容器化工作流执行，适用于自动化数据分析管道。
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shinejh0528/bwa-mem2
BWA（Burrows-Wheeler Aligner）是一款高效准确的生物信息学工具，用于将短DNA序列比对到大型参考基因组，广泛应用于基因组学分析中高通量测序数据的处理。
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shinejh0528/jhshin_base
基于Ubuntu不同版本（20.04/24.10/25.10等）构建的Docker镜像，包含漏洞修复及.vimrc配置优化（如添加UTF-8字符集），提供稳定、安全的基础运行环境。
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镜像拉取常见问题
轩辕镜像免费版与专业版有什么区别？
免费版仅支持 Docker Hub 访问，不承诺可用性和速度；专业版支持更多镜像源，保证可用性和稳定速度，提供优先客服响应。
轩辕镜像支持哪些镜像仓库？
专业版支持 docker.io、gcr.io、ghcr.io、registry.k8s.io、nvcr.io、quay.io、mcr.microsoft.com、docker.elastic.co 等；免费版仅支持 docker.io。
流量耗尽错误提示
当返回 402 Payment Required 错误时，表示流量已耗尽，需要充值流量包以恢复服务。
410 错误问题
通常由 Docker 版本过低导致，需要升级到 20.x 或更高版本以支持 V2 协议。
manifest unknown 错误
先检查 Docker 版本，版本过低则升级；版本正常则验证镜像信息是否正确。
镜像拉取成功后，如何去掉轩辕镜像域名前缀？
使用 docker tag 命令为镜像打上新标签，去掉域名前缀，使镜像名称更简洁。
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"
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