R应用容器

概述

本项目包含INWT项目的Docker配置，展示了将R应用部署到生产环境的最佳实践。基于rocker项目构建（感谢rocker团队的出色工作），提供多种预配置镜像，适用于R应用开发与部署。镜像托管于：

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核心镜像类型

r-ver-ubuntu

• 基于Ubuntu系统
• 包含指定版本的R及固定MRAN源
• 继承自rocker的r-ver项目

r-base

• 基于r-ver-ubuntu构建
• 包含基础构建工具
• 添加INWT网络设置：证书和R仓库配置

r-batch

• 基于r-base构建
• 添加数据库连接器（如MySQL）
• 包含建模基础包（lme4、mgcv、gbm）
• 包含数据处理包（data.table、dplyr、tidyr）
• 包含自研及开源工具包（dbtools、mctools）

r-shiny

• 基于r-batch构建
• 添加Shiny相关包（shiny、shinyjs等）

通过以下命令拉取并启动镜像：

docker pull inwt/r-base:3.4.4
docker run -it inwt/r-base:3.4.4

为什么使用Docker

R功能强大但缺乏标准化部署模型。与Java通过JVM抽象操作系统不同，R应用部署常受运行环境影响。Docker提供一致的运行时环境，将R应用打包为可分发单元，实现跨系统部署。

容器特性：

• 静态性：镜像构建后不再更新，确保应用运行环境一致性
• 无状态性：容器实例完成任务后即删除，运行应完全独立，禁止在容器内存储数据

使用指南：Dockerfile与.dockerignore

Dockerfile

Docker镜像通过Dockerfile构建，包含构建过程中的所有命令。建议基于上述预定义镜像构建，而非从零开始。示例Dockerfile：

FROM inwt/r-batch:3.4.4

ADD . .
RUN rm -vf .Rprofile && \
  installPackage

CMD ["Rscript", "inst/R_Code/someScript.R"]

• FROM：指定基础镜像
• ADD：将文件/目录复制到镜像文件系统
• RUN：执行命令（此处删除.Rprofile以避免覆盖预配置的CRAN仓库和库路径，然后安装R包）
• CMD：容器默认启动命令（此处通过Rscript执行脚本）

更多配置选项参见Dockerfile参考文档，建议遵循Dockerfile最佳实践。

.dockerignore

.dockerignore用于排除构建非必需文件，类似.Rbuildignore或.gitignore，减小构建上下文大小。示例：

lib*
deps
largeFile.csv

详细说明参见.dockerignore文档。

构建与运行容器

构建镜像并启动容器

本地开发的推荐命令：

docker build --pull -t tmp <Dockerfile路径> && docker run --rm -it --network host tmp

详细参数说明：

docker build \
    --pull \               # 拉取FROM中镜像的最新版本
    -t tmp \               # 为镜像指定标签"tmp"
    <Dockerfile路径> \     # 例如"."（当前目录）
  && docker run \
    --rm \                 # 容器运行完成后自动删除
    -it \                  # 交互式会话，可进入控制台
    --network host \       # 容器使用主机网络（IP与主机一致）
    tmp                    # 镜像名称（对应标签）

上述命令将构建镜像并执行Dockerfile中CMD定义的默认命令。

常用命令参考

docker ps                                # 显示所有运行中的容器
docker logs <container>                  # 查看容器输出日志
docker attach <container>                # 连接到运行中的容器
docker run -it --rm <image> bash         # 在容器中启动bash（构建失败时调试常用）
docker exec -i -t <container> /bin/bash  # 在已运行容器中打开新bash终端

使用场景

运行Shiny应用

docker build -t example-app ./examples/app
docker run --rm -p 3838:3838 example-app  # 映射3838端口
docker run --rm --network host example-app  # 使用主机网络

批处理模式运行R任务

docker build -t example-batch ./examples/batch
docker run --rm example-batch  # 运行默认命令
docker run --rm example-batch Rscript main.R  # 执行指定脚本
docker run --rm example-batch Rscript main.R arg1 arg2  # 带参数执行脚本

生产环境应用调试

在不同环境和包版本下运行测试与R CMD检查

无需本地Dockerfile（但使用本地Dockerfile更稳定），可直接将容器作为运行时环境执行R CMD check。通过-v挂载目录（授予写权限）：

cd /path/to/your/package
docker run --rm -v $PWD:/app --user `id -u`:`id -g` inwt/r-batch:3.4.4 check
docker run --rm -v $PWD:/app --user `id -u`:`id -g` inwt/r-batch:3.5.1 check

报告生成

（原文未提供详细内容，此处保留结构）