系统发育分析程序Docker镜像文档

镜像概述

本Docker镜像专为系统发育分析设计，标签基于两部分信息构建：包含的程序集（'basic'、'slim'、'full'或'heavy'）和支持的计算机芯片架构（'amd64'或'arm64'）。其中，'amd64'镜像适用于大多数Intel或AMD处理器的机器（支持Windows、Linux、Mac OS系统）；'arm64'镜像专为2019年后配备Apple Silicon芯片（如M1、M2等）的Mac计算机设计。若未指定架构，Docker将根据宿主机自动选择适配的镜像。

核心功能与特性

Basic程序集

包含基础系统发育分析工具：

• Debian Linux操作系统
• Python 3.13.5
• R 4.5.1
• Julia 1.11.6

Slim程序集

在Basic基础上增加中级系统发育分析工具：

• 包含Basic程序集中的所有工具
• RevBayes（开发分支，提交113c124，2025/09/04）
• TensorPhylo（主分支，提交8887a4c，2025/07/17）

Full程序集

在Slim基础上扩展高级分析能力：

• 包含Slim程序集中的所有工具
• PhyloJunction（主分支，提交f0f4eba，2024/05/24）
• 常用Python包
• 常用R包
• 常用Julia包

Heavy程序集

在Full基础上增加重量级工具：

• 包含Full程序集中的所有工具
• Java openjdk 21.0.8
• BEAST2 v2.7.7
• Beagle（计算加速库）

使用场景

• Basic：适用于基础系统发育分析任务，需轻量级环境
• Slim：适用于包含RevBayes或TensorPhylo的中级系统发育建模
• Full：适用于需要丰富编程语言包支持的复杂系统发育分析
• Heavy：适用于依赖Java环境、BEAST2或Beagle加速的高级系统发育推断

使用方法与配置说明

镜像拉取

根据需求选择程序集和架构标签拉取镜像，格式为：

bash
docker pull [镜像仓库地址]/[镜像名]:[程序集]-[架构]

若未指定架构，Docker自动选择适配架构：

bash
# 拉取basic程序集镜像（自动选择架构）
docker pull [镜像仓库地址]/[镜像名]:basic

# 拉取amd64架构的full程序集镜像
docker pull [镜像仓库地址]/[镜像名]:full-amd64

# 拉取arm64架构的heavy程序集镜像
docker pull [镜像仓库地址]/[镜像名]:heavy-arm64

容器运行

以交互式方式运行容器（示例使用basic程序集）：

bash
docker run -it --name phylo-analysis [镜像仓库地址]/[镜像名]:basic /bin/bash

运行后可直接使用镜像中包含的程序（如Python、R、Julia等）。

架构自动选择

若未在标签中指定架构（如使用:slim而非:slim-amd64），Docker会根据宿主机硬件自动选择匹配的架构镜像（amd64或arm64），简化跨平台使用流程。