专属域名
文档搜索
轩辕助手
Run助手
邀请有礼
返回顶部
快速返回页面顶部
收起
收起工具栏
轩辕镜像 官方专业版
轩辕镜像 官方专业版轩辕镜像 官方专业版官方专业版
首页个人中心搜索镜像

交易
充值流量我的订单
工具
提交工单镜像收录一键安装
Npm 源Pip 源Homebrew 源
帮助
常见问题
其他
关于我们网站地图

官方QQ群: 1072982923

pennbbl/qsiprep Docker 镜像 - 轩辕镜像

qsiprep
pennbbl/qsiprep
扩散磁共振成像(diffusion MRI)中q空间图像的预处理与重建,是通过对原始采集数据实施运动校正、涡流校正、降噪等预处理以消除干扰,再借助数学模型与算法将信号数据转化为可直观反映组织微观结构中水分子扩散特性的q空间图像的关键技术过程,为脑白质纤维束追踪、神经退行性疾病早期诊断及生物组织微结构研究提供重要影像基础。
4 收藏0 次下载
🚀 稳定镜像源 = 更少宕机 + 更低运维成本
中文简介版本下载
🚀 稳定镜像源 = 更少宕机 + 更低运维成本

q空间图像(弥散MRI)的预处理与重建

弥散MRI(扩散加权磁共振成像)中的q空间图像通过记录不同弥散梯度参数(方向、强度)下的水分子弥散信号,反映组织微观结构特征。预处理是去除数据噪声与伪影、确保信号可靠性的基础,重建则是将q空间信号转化为可解读的图像及参数的核心步骤。以下从预处理和重建两方面,介绍具体流程与操作要点。

一、预处理:提升数据质量的关键步骤

预处理需消除成像过程中的干扰因素(如运动、梯度畸变、噪声),为后续重建提供稳定输入。

1. 数据质控:筛选有效数据

目的:识别低质量数据(如信噪比不足、严重伪影),避免无效计算。
操作要点:

  • 视觉检查:通过DICOM或NIfTI格式文件,观察b=0图像(无弥散梯度,类似T2加权像)是否存在大面积信号丢失、条纹伪影或运动模糊;
  • 定量指标:计算信噪比(SNR,通常以脑脊液区域信号标准差为参考),剔除SNR<20的序列;统计梯度方向一致性,检查是否存在梯度线圈故障导致的信号异常(如某一方向信号全为零)。
2. 运动校正:消除体素位移

目的:患者自主/生理运动(如呼吸、心跳)会导致不同b值图像的体素位置偏移,需通过配准对齐。
常用方法:刚性配准(适用于头部等刚体组织)。
操作要点:

  • 以b=0图像为参考(信号最稳定),将其他b值图像与参考图配准;
  • 采用互信息(MI)作为相似性度量,避免因信号强度差异影响配准精度;
  • 对运动幅度大的区域(如腹部),可增加局部配准步骤(如基于切片的弹性配准)。
3. 涡流校正:修正梯度场畸变

目的:弥散梯度场切换时产生的涡流会导致图像几何形变(如拉伸、扭曲),需通过校正恢复空间一致性。
常用方法:

  • 梯度场非线性模型:利用MRI设备提供的梯度场校正文件(如Siemens的“eddy current correction matrix”),对信号进行解析校正;
  • 图像配准法:对畸变图像与b=0图像进行非线性配准(如B样条变换),通过形变场反推涡流影响并修正。
    操作要点:优先使用设备自带的梯度校正模型,若效果不佳(如场强不均匀区域),再结合图像配准法。
4. 噪声抑制:降低随机干扰

目的:MRI信号中的热噪声会掩盖水分子弥散细节,需通过滤波保留有效信号。
常用方法:

  • 小波去噪:对q空间信号进行小波分解,通过阈值截断高频噪声分量(如采用VisuShrink阈值函数);
  • 非局部均值滤波:利用q空间信号的空间相关性,通过相似体素加权平均抑制噪声(适用于低b值数据)。
    操作要点:滤波强度需平衡噪声去除与信号保真,可通过对比滤波前后的ADC值标准差(SD<10%为合理)调整参数。

二、重建:从q空间信号到微观结构参数

重建的核心是将预处理后的q空间信号(不同梯度下的信号强度)转化为反映水分子弥散特性的图像及定量参数。

1. 信号转换:q空间到图像空间

基础方法:傅里叶变换
q空间信号与弥散加权图像(DWI)存在傅里叶变换关系:$I(\mathbf{r}) = \mathcal{F}^{-1}{S(\mathbf{q})}$,其中$\mathbf{r}$为空间位置,$\mathbf{q}$为梯度向量($q = \gamma G \delta \Delta$,$\gamma$为旋磁比,$G$为梯度强度,$\delta$为梯度持续时间,$\Delta$为梯度间隔)。
操作要点:

  • 对q空间信号进行快速傅里叶变换(FFT),直接得到DWI;
  • 若q空间采样非均匀(如螺旋采样),需先通过密度补偿加权(density compensation)校正采样偏差。
2. 模型拟合:提取弥散参数

目的:通过数学模型从DWI中解析水分子弥散规律,常用模型包括:

  • 单指数模型:适用于低b值(b<1000 s/mm²),信号公式$S(b) = S_0 \exp(-b \cdot ADC)$,通过最小二乘法拟合得到ADC(表观弥散系数);
  • 弥散峰度模型(DKI):适用于中高b值(b=1000-3000 s/mm²),信号公式$S(b) = S_0 \exp(-b \cdot ADC + \frac{1}{6} b^2 \cdot ADC^2 \cdot MK)$,拟合得到MK(弥散峰度,反映弥散偏离高斯分布的程度);
  • 机器学习模型:对高维q空间数据(如扩散频谱成像,DSI),可采用U-Net等网络直接学习q空间信号到参数图的映射(适用于复杂组织结构)。
    操作要点:根据b值范围选择模型,低b值数据避免使用DKI(会导致过拟合),高b值数据需增加采样点数(至少30个方向)以保证拟合精度。
3. 参数图生成:可视化微观结构

将拟合得到的参数(ADC、MK等)按空间位置排列,生成定量参数图。
操作要点:

  • 对参数图进行空间平滑(如3×3高斯滤波,σ=1mm),减少噪声导致的伪影;
  • 结合解剖图像(如T2加权像)进行空间配准,确保参数图与解剖结构对应(如肿瘤区域的ADC值标注)。

三、结果验证与注意事项

预处理与重建的效果需通过双重验证:

  • 视觉验证:参数图应无明显条纹、畸变,解剖结构与T2像一致;
  • 定量验证:正常组织的ADC值需在生理范围内(如脑白质ADC≈0.7-0.9×10⁻³ mm²/s),变异系数(CV)<15%。

此外,需注意预处理与重建的关联性:涡流校正不完善会导致模型拟合偏差,噪声抑制过度会低估弥散受限程度,需通过迭代优化(如先初步重建,根据参数图伪影反馈调整预处理参数)提升结果可靠性。

通过以上步骤,可从q空间图像中稳定提取水分子弥散信息,为临床诊断(如脑梗死、肿瘤分级)和神经科学研究(如白质纤维束追踪)提供可靠数据支持。

查看更多 qsiprep 相关镜像 →
pennbbl/qsiprep_build logo
pennbbl/qsiprep_build
暂无描述
10K+ pulls
上次更新:未知

轩辕镜像配置手册

探索更多轩辕镜像的使用方法,找到最适合您系统的配置方式

登录仓库拉取

通过 Docker 登录认证访问私有仓库

Linux

在 Linux 系统配置镜像服务

Windows/Mac

在 Docker Desktop 配置镜像

Docker Compose

Docker Compose 项目配置

K8s Containerd

Kubernetes 集群配置 Containerd

K3s

K3s 轻量级 Kubernetes 镜像加速

Dev Containers

VS Code Dev Containers 配置

MacOS OrbStack

MacOS OrbStack 容器配置

宝塔面板

在宝塔面板一键配置镜像

群晖

Synology 群晖 NAS 配置

飞牛

飞牛 fnOS 系统配置镜像

极空间

极空间 NAS 系统配置服务

爱快路由

爱快 iKuai 路由系统配置

绿联

绿联 NAS 系统配置镜像

威联通

QNAP 威联通 NAS 配置

Podman

Podman 容器引擎配置

Singularity/Apptainer

HPC 科学计算容器配置

其他仓库配置

ghcr、Quay、nvcr 等镜像仓库

专属域名拉取

无需登录使用专属域名

需要其他帮助?请查看我们的 常见问题Docker 镜像访问常见问题解答 或 提交工单

镜像拉取常见问题

轩辕镜像免费版与专业版有什么区别?

免费版仅支持 Docker Hub 访问,不承诺可用性和速度;专业版支持更多镜像源,保证可用性和稳定速度,提供优先客服响应。

轩辕镜像支持哪些镜像仓库?

专业版支持 docker.io、gcr.io、ghcr.io、registry.k8s.io、nvcr.io、quay.io、mcr.microsoft.com、docker.elastic.co 等;免费版仅支持 docker.io。

流量耗尽错误提示

当返回 402 Payment Required 错误时,表示流量已耗尽,需要充值流量包以恢复服务。

410 错误问题

通常由 Docker 版本过低导致,需要升级到 20.x 或更高版本以支持 V2 协议。

manifest unknown 错误

先检查 Docker 版本,版本过低则升级;版本正常则验证镜像信息是否正确。

镜像拉取成功后,如何去掉轩辕镜像域名前缀?

使用 docker tag 命令为镜像打上新标签,去掉域名前缀,使镜像名称更简洁。

查看全部问题→

用户好评

来自真实用户的反馈,见证轩辕镜像的优质服务

用户头像

oldzhang

运维工程师

Linux服务器

5

"Docker访问体验非常流畅,大镜像也能快速完成下载。"

轩辕镜像
镜像详情
...
pennbbl/qsiprep
官方博客Docker 镜像使用技巧与技术博客
热门镜像查看热门 Docker 镜像推荐
一键安装一键安装 Docker 并配置镜像源
咨询镜像拉取问题请 提交工单,官方技术交流群:1072982923
轩辕镜像面向开发者与科研用户,提供开源镜像的搜索和访问支持。所有镜像均来源于原始仓库,本站不存储、不修改、不传播任何镜像内容。
咨询镜像拉取问题请提交工单,官方技术交流群:
轩辕镜像面向开发者与科研用户,提供开源镜像的搜索和访问支持。所有镜像均来源于原始仓库,本站不存储、不修改、不传播任何镜像内容。
官方邮箱:点击复制邮箱
©2024-2026 源码跳动
官方邮箱:点击复制邮箱Copyright © 2024-2026 杭州源码跳动科技有限公司. All rights reserved.