OMERO.web Docker

基于RockyLinux 9的OMERO.web Docker镜像。

另请参阅SUPPORT.md

独立镜像：omero-web-standalone

获取运行中的OMERO.web服务器的最快方式是使用独立镜像，该镜像使用WhiteNoise包，无需Nginx。此镜像还包含以下OMERO.web插件及默认配置：

• figure
• iviewer
• mapr
• parade

以下插件已安装但处于禁用状态：

• fpbioimage
• autotag
• tagsearch

要启用这些插件或更改默认插件的配置，请参阅相关插件文档。

使用方法

要运行Docker镜像，您可以通过定义OMEROHOST来设置要连接的单个OMERO.server：

bash
docker run -d --name omero-web \
    -e OMEROHOST=omero.example.org \
    -p 4080:4080 \
    openmicroscopy/omero-web-standalone

或者，可以使用环境变量设置所有配置选项，例如：

bash
docker run -d --name omero-web \
    -e CONFIG_omero_web_server__list='[["omero.example.org", 4064, "omero"]]' \
    -e CONFIG_omero_web_debug=true \
    -p 4080:4080 \
    openmicroscopy/omero-web-standalone

最小化OMERO.web镜像：omero-web

omero-web是一个最小化OMERO.web镜像，需要额外配置才能提供Django静态文件。例如，您可以使用[***]

配置

所有OMERO配置属性都可以通过定义环境变量CONFIG_omero_property_name=来设置。由于环境变量名称中不允许使用 .，因此必须将 . 替换为 _，并将 _ 替换为 __。

可以通过将文件挂载到/opt/omero/web/config/来提供额外的OMERO配置文件。以.omero结尾的文件将通过omero load加载。

有关配置的更多详细信息，请参见[***]

默认卷

• /opt/omero/web/OMERO.web/var：OMERO.web的var目录，包括日志

暴露端口

• 4080

开发

您可以使用此仓库构建自定义镜像，用于测试OMERO.web的开发构建。例如，要从OMERO-build CI作业安装OMERO.web：

bash
make VERSION=test REPO=test BUILDARGS="\
    --build-arg OMEGO_ADDITIONAL_ARGS=--ci=[***] \
    --build-arg=OMERO_VERSION=OMERO-build" docker-build

docker run -d --name test-web \
    -e CONFIG_omero_web_server__list='[["eel.openmicroscopy.org", 4064, "eel"]]' \
    -e CONFIG_omero_web_debug=true \
    -p 4080:4080 \
    test/omero-web-standalone:latest