OMERO.server Docker镜像

概述和主要用途

基于RockyLinux 9的OMERO.server Docker镜像，用于便捷部署和运行OMERO.server。OMERO.server是一个用于管理、共享和分析生物医学图像数据的服务器应用程序，该镜像提供了预配置的运行环境，简化了部署流程。

核心功能和特性

• 灵活配置：支持通过环境变量或挂载配置文件自定义OMERO.server设置
• 默认卷：包含数据存储和日志存储的默认卷
• 端口暴露：默认暴露4063和4064端口，用于OMERO通信
• 依赖兼容：基于RockyLinux 9构建，确保运行环境稳定性

使用场景和适用范围

适用于需要快速部署OMERO.server的科研机构、实验室或个人，用于管理生物医学图像数据，支持多用户访问和数据共享。

使用方法和配置说明

运行镜像

1. 启动PostgreSQL数据库

OMERO.server需要PostgreSQL数据库支持，首先启动数据库容器：

bash
docker run -d --name postgres -e POSTGRES_PASSWORD=postgres postgres

2. 运行OMERO.server容器

启动OMERO.server容器，配置数据库连接和管理员密码：

bash
docker run -d --name omero-server --link postgres:db \
    -e CONFIG_omero_db_user=postgres \
    -e CONFIG_omero_db_pass=postgres \
    -e CONFIG_omero_db_name=postgres \
    -e ROOTPASS=omero-root-password \
    -p 4063:4063 -p 4064:4064 \
    openmicroscopy/omero-server

注意：示例使用默认的postgres数据库，实际环境中建议创建专用数据库。

配置变量

所有OMERO配置属性可通过环境变量CONFIG_omero_property_name=设置。由于环境变量中不允许使用.，需进行替换：

• 将原属性中的.替换为_
• 将原属性中的_替换为__

例如，设置omero.web.public.enabled=false时，环境变量应为：

bash
-e CONFIG_omero_web_public_enabled=false

配置文件

可通过挂载文件到/opt/omero/server/config/目录提供额外配置。以.omero为后缀的文件将通过omero load命令加载。

示例：

bash
docker run -d -v /config/extra.omero:/opt/omero/server/config/extra.omero:ro \
    openmicroscopy/omero-server

注意：数据库配置等初始化参数必须通过环境变量设置，不能仅依赖配置文件。

默认卷

• /opt/omero/server/OMERO.server/var：OMERO.server的日志和临时文件目录
• /OMERO：OMERO数据存储目录

暴露端口

• 4063：OMERO TCP端口
• 4064：OMERO SSL端口

示例：使用命名卷运行

bash
# 创建命名卷
docker volume create --name omero-db
docker volume create --name omero-data

# 启动PostgreSQL（使用命名卷存储数据）
docker run -d --name postgres -e POSTGRES_PASSWORD=postgres \
    -v omero-db:/var/lib/postgresql/data postgres

# 启动OMERO.server（使用命名卷存储OMERO数据）
docker run -d --name omero-server --link postgres:db \
    -e CONFIG_omero_db_user=postgres \
    -e CONFIG_omero_db_pass=postgres \
    -e CONFIG_omero_db_name=postgres \
    -e ROOTPASS=omero-root-password \
    -v omero-data:/OMERO \
    -p 4063:4063 -p 4064:4064 \
    openmicroscopy/omero-server

不使用--link运行

若不使用--link，可通过CONFIG_omero_db_host环境变量指定数据库地址：

bash
docker run -d --name omero-server \
    -e CONFIG_omero_db_host=数据库IP或主机名 \
    -e CONFIG_omero_db_user=postgres \
    -e CONFIG_omero_db_pass=postgres \
    -e CONFIG_omero_db_name=postgres \
    -e ROOTPASS=omero-root-password \
    -p 4063:4063 -p 4064:4064 \
    openmicroscopy/omero-server