ATLAS是一款开源软件工具,供研究人员对转换为OMOP通用数据模型V5的标准化观察数据进行科学分析。研究人员可通过索赔数据,基于药物暴露或特定疾病诊断定义人群组来创建队列。ATLAS具备概念词汇搜索功能,可识别具有特定疾病、药物暴露等的人群;支持在特定队列中查看患者档案,可视化个体的***记录;还提供群体效应水平估计分析,支持两个不同队列的比较,并利用R包实现分析。
ATLAS采用HTML、CSS和Knockout JavaScript构建。有关ATLAS的使用详情,请参考设置指南。
部署ATLAS前需确保WebAPI已正常运行。以下是基本部署示例:
bash
docker pull ohdsi/atlas
2. 运行ATLAS容器,需指定WebAPI地址: ```bash docker run -d -p 8080:80 --name atlas \ --env WEBAPI_URL=[***] \ ohdsi/atlas
-p 8080:80:将容器的80端口映射到主机的8080端口--env WEBAPI_URL:设置WebAPI的访问地址,需替换为实际WebAPI服务地址--name atlas:指定容器名称为atlas[***]访问ATLAS。[***]
ATLAS采用Apache License 2.0许可。
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通常由 Docker 版本过低导致,需要升级到 20.x 或更高版本以支持 V2 协议。
先检查 Docker 版本,版本过低则升级;版本正常则验证镜像信息是否正确。
使用 docker tag 命令为镜像打上新标签,去掉域名前缀,使镜像名称更简洁。
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