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LinuxServer.io提供的Folding@home Docker镜像,用于分布式蛋白质动态模拟,包括蛋白质折叠过程及与疾病相关的蛋白质运动研究。公民科学家可志愿贡献计算资源,助力生物学研究和治疗方法开发,支持多架构,配置简单,易于部署和管理。
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foldingathome 使用指南

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linuxserver/foldingathome

Folding@home是一个分布式计算项目,用于模拟蛋白质动态,包括蛋白质折叠过程和与多种疾病相关的蛋白质运动。它汇聚了志愿贡献个人电脑计算资源的公民科学家,通过这些数据,科学家能更好地理解生物学,并为开发治疗方法提供新机会。

![foldingathome]([***]

LinuxServer.io团队提供的此容器具有以下特点:

  • 定期及时的应用更新
  • 简单的用户映射(PGID、PUID)
  • 带有s6 overlay的自定义基础镜像
  • 每周基础操作系统更新,在整个LinuxServer.io生态系统中共享通用层,以最小化空间占用、 downtime和带宽
  • 定期安全更新

支持的架构

我们利用docker manifest实现多平台支持。只需拉取lscr.io/linuxserver/foldingathome:latest即可获取适合您架构的正确镜像,也可通过标签拉取特定架构镜像。

支持的架构:

架构可用标签
x86-64amd64-<版本标签>
arm64arm64v8-<版本标签>

应用设置

此镜像部署Folding@home客户端,界面可通过[***]

在设置容器前,请先在[***]ACCOUNT_TOKEN环境变量。

使用令牌和机器名称创建容器后,实例将列于Web应用中,可在该处进行控制。之后,ACCOUNT_TOKENMACHINE_NAME变量可移除,因为实例已与在线账户关联,配置信息存储在config文件夹中。

从7.6版本迁移

Fah-client 8版本经过重写,存在一些我们无法在容器中自动缓解的破坏性变更。与v7不同,v8不再捆绑本地WebGUI,Web应用从在线源加载,且只能自动检测与浏览器运行在同一台机器(物理机)上的实例,这在Docker容器中无法实现。因此,升级到v8需注册在线账户,获取账户令牌,并通过新环境变量ACCOUNT_TOKENMACHINE_NAME(友好名称)进行设置。

GPU硬件加速

Nvidia

Nvidia硬件加速用户需在主机上安装Nvidia提供的容器运行时,安装说明见:[***]--runtime=nvidia,并添加环境变量-e NVIDIA_VISIBLE_DEVICES=all(也可设为特定GPU的UUID,可通过nvidia-smi --query-gpu=gpu_name,gpu_uuid --format=csv查看)。Nvidia会自动将主机的GPU和驱动挂载到Folding@home容器中。

只读操作

此镜像可在只读容器文件系统下运行,详情请参阅文档。

使用方法

以下提供docker-compose和docker cli两种使用方式帮助您创建容器。

[!NOTE] 除非标记为“可选”,否则所有参数为必填项,必须提供值。

docker-compose(推荐,点击查看更多信息)

yaml
---
services:
  foldingathome:
    image: lscr.io/linuxserver/foldingathome:latest
    container_name: foldingathome
    environment:
      - PUID=1000
      - PGID=1000
      - TZ=Etc/UTC
      - ACCOUNT_TOKEN=
      - MACHINE_NAME=
      - CLI_ARGS= #可选
    volumes:
      - /path/to/foldingathome/data:/config
    ports:
      - 7396:7396 #可选
    restart: unless-stopped

docker cli (点击查看更多信息)

bash
docker run -d \
  --name=foldingathome \
  -e PUID=1000 \
  -e PGID=1000 \
  -e TZ=Etc/UTC \
  -e ACCOUNT_TOKEN= \
  -e MACHINE_NAME= \
  -e CLI_ARGS= `#optional` \
  -p 7396:7396 `#optional` \
  -v /path/to/foldingathome/data:/config \
  --restart unless-stopped \
  lscr.io/linuxserver/foldingathome:latest

参数

容器通过运行时参数配置(如上述示例)。参数格式为<外部>:<内部>,例如-p 8080:80表示将容器内80端口映射到主机8080端口。

参数功能
-p 7396Folding@home Web界面(重定向至[***]
-e PUID=1000用户ID - 详见下文说明
-e PGID=1000组ID - 详见下文说明
-e TZ=Etc/UTC指定时区,详见时区列表。
-e ACCOUNT_TOKEN=在[***]
-e MACHINE_NAME=为此实例分配友好名称(无空格),首次启动时必填。
-e CLI_ARGS=可选,在容器启动时向fah-client传递额外命令行参数。
-v /configFolding@home存储数据库和配置文件的路径。
--read-only=true以只读文件系统运行容器,详情请阅读文档。

环境变量从文件(Docker secrets)

可通过特殊前缀FILE__从文件设置任何环境变量。例如:

bash
-e FILE__MYVAR=/run/secrets/mysecretvariable

这将根据/run/secrets/mysecretvariable文件内容设置环境变量MYVAR

Umask设置

所有镜像支持通过可选环境变量-e UMASK=022覆盖容器内服务的默认umask设置。注意umask不是chmod,它基于值减少权限而非增加,使用前请参阅相关说明。

用户/组标识符

使用卷(-v参数)时,主机OS与容器间可能出现权限问题。通过指定用户PUID和组PGID可避免此问题。确保主机上的卷目录归指定用户所有,权限问题将迎刃而解。

示例中PUID=1000PGID=1000,可通过id your_user命令查看您的ID:

bash
id your_user

输出示例:

text
uid=1000(your_user) gid=1000(your_user) groups=1000(your_user)

Docker Mods

Docker Mods Docker Universal Mods

我们发布多种Docker Mods以扩展容器功能。上述动态徽章链接可访问此镜像专用Mods及适用于所有镜像的通用Mods列表。

支持信息

  • 容器运行时Shell访问:

    bash
    docker exec -it foldingathome /bin/bash
    
  • 实时监控容器日志:

    bash
    docker logs -f foldingathome
    
  • 容器版本号:

    bash
    docker inspect -f '{{ index .Config.Labels "build_version" }}' foldingathome
    
  • 镜像版本号:

    bash
    docker inspect -f '{{ index .Config.Labels "build_version" }}' lscr.io/linuxserver/foldingathome:latest
    

更新信息

大多数镜像为静态、版本化,需更新镜像并重建容器以更新内部应用。除特殊说明外,不建议或支持在容器内更新应用。请参考上文应用设置部分确认是否适用于此镜像。

通过Docker Compose更新

  • 更新镜像:

    • 所有镜像:

      bash
      docker-compose pull
      
    • 单个镜像:

      bash
      docker-compose pull foldingathome
      
  • 更新容器:

    • 所有容器:

      bash
      docker-compose up -d
      
    • 单个容器:

      bash
      docker-compose up -d foldingathome
      
  • 清理旧镜像:

    bash
    docker image prune
    

通过Docker Run更新

  • 更新镜像:

    bash
    docker pull lscr.io/linuxserver/foldingathome:latest
    
  • 停止运行中的容器:

    bash
    docker stop foldingathome
    
  • 删除容器:

    bash
    docker rm foldingathome
    
  • 使用相同参数重建容器(若卷映射正确,/config文件夹及设置将保留)

  • 清理旧镜像:

    bash
    docker image prune
    

镜像更新通知 - Diun(Docker Image Update Notifier)

[!TIP] 推荐使用Diun接收更新通知。不建议或支持使用其他自动更新容器的工具。

本地构建

如需本地修改镜像进行开发或自定义:

bash
git clone [***]
cd docker-foldingathome
docker build \
  --no-cache \
  --pull \
  -t lscr.io/linuxserver/foldingathome:latest .

可使用lscr.io/linuxserver/qemu-static在x86_64硬件上构建ARM变体,反之亦然:

bash
docker run --rm --privileged lscr.io/linuxserver/qemu-static --reset

注册后,可通过-f Dockerfile.aarch64指定架构对应的Dockerfile。

版本历史

  • 10.08.24: - 添加libexpat1以支持Nvidia。
  • 25.06.24: - 破坏性变更 - 详见应用设置部分。重构镜像以支持F@H v8。
  • 15.06.24: - 基于Ubuntu Noble重建,添加可选命令行参数。
  • 14.12.22: - 基于Ubuntu Jammy重建,迁移至s6v3。
  • 15.01.22: - 基于Ubuntu Focal重建。添加arm64v8构建(仅CPU)。增加关于GPU驱动权限设置的详细说明。
  • 09.01.21: - 添加nvidia.icd。
  • 14.04.20: - 添加Folding@home***链接。
  • 20.03.20: - 初始发布。

用户好评

来自真实用户的反馈,见证轩辕镜像的优质服务

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oldzhang

运维工程师

Linux服务器

5

"Docker加速体验非常流畅,大镜像也能快速完成下载。"