高通量测序技术的进步现在允许大规模表征B细胞受体(BCR)和T细胞受体(TCR)库。适应性免疫受体库(AIRR)的高胚系和体细胞多样性为生物学意义的分析带来了挑战,需要开发专门的计算方法。
Immcantation框架为高通量AIRR-seq数据集提供了从开始到结束的完整分析生态系统。尽管Immcantation主要关注BCR,但方法也适用于TCR。从原始读取开始,提供了Python和R包用于预处理、群体结构确定和库分析。
重要提示!
Immcantation已迁移至 [***]
要更新Git配置设置,请使用:
git config user.email "***" git config user.name "your-gh-user-name" git remote set-url origin ***:immcantation/immcantation.git
此仓库包含Immcantation框架中工具的通用文档、辅助脚本、示例流程和Docker构建文件。
| 文件夹 | 内容描述 |
|---|---|
| docker | 用于Docker Hub上托管镜像的Dockerfile。 |
| docs | 用于ReadTheDocs上托管文档的Sphinx构建文件。 |
| pipelines | Docker镜像的示例流程脚本。 |
| protocols | 已发表实验方案的引物序列和扩增子设计。 |
| scripts | 用于IMGT、IgBLAST和VDJTools的辅助脚本。 |
我们提供了包含Immcantation框架、其依赖项、辅助脚本和IgBLAST的完整安装的Docker镜像。该镜像还包括IgBLAST和IMGT参考胚系集,以及多个示例流程脚本。镜像可在Docker Hub上获取:immcantation/suite
镜像通过标签进行版本控制,包含***发布的镜像用元版本号表示(例如,1.0.0)。devel标签表示最新的开发(不稳定)构建。latest标签不可用。可使用命令docker pull immcantation/suite:<tag>获取镜像。
有关Immcantation框架工具的完整使用文档、API文档和多个教程,请参见Immcantation Portal。
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通常由 Docker 版本过低导致,需要升级到 20.x 或更高版本以支持 V2 协议。
先检查 Docker 版本,版本过低则升级;版本正常则验证镜像信息是否正确。
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