Immcantation Docker 镜像文档

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镜像概述和主要用途

Immcantation 是一个用于高通量适应性免疫受体库测序（AIRR-seq）数据集的完整分析生态系统。尽管主要专注于 B 细胞受体（BCR）分析，但方法同样适用于 T 细胞受体（TCR）。该框架提供从原始读取数据开始的预处理、群体结构确定和受体库分析功能，包含 Python 和 R 软件包。

Docker 镜像提供了 Immcantation 框架、其依赖项、辅助脚本和 IgBLAST 的完整安装，还包含 IgBLAST 和 IMGT 参考种系集以及多个示例管道脚本。

核心功能和特性

• 完整的 Immcantation 框架安装
• 包含所有依赖项、辅助脚本和 IgBLAST 工具
• 内置 IgBLAST 和 IMGT 参考种系数据库
• 提供多个示例管道脚本
• 符合 AIRR-C sw-tools v1 标准
• 支持 BCR 和 TCR 受体库分析

使用场景和适用范围

• 高通量 AIRR-seq 数据分析
• B 细胞受体（BCR）深度分析
• T 细胞受体（TCR）序列分析
• 适应性免疫受体库研究
• 免疫学和相关领域的生物信息学研究

镜像获取与版本控制

镜像地址

Docker Hub: immcantation/suite

版本标签说明

• ***发布版本: 使用元版本号标签（如 1.0.0）
• 开发版本: devel 标签表示最新开发（不稳定）构建
• 注意: 不提供 latest 标签，必须指定具体版本标签

获取镜像

bash
docker pull immcantation/suite:<tag>

例如，拉取 1.0.0 版本:

bash
docker pull immcantation/suite:1.0.0

使用方法

基本运行命令

bash
docker run -it --rm immcantation/suite:<tag>

挂载数据卷运行

bash
docker run -it --rm -v /本地数据目录:/data immcantation/suite:<tag>

运行示例管道脚本

bash
docker run -it --rm -v /本地数据目录:/data immcantation/suite:<tag> /opt/immcantation/pipelines/example_pipeline.sh

仓库结构

配置Git仓库（开发者用）

如果需要更新Git配置设置：

bash
git config user.email "***"
git config user.name "your-gh-user-name"
git remote set-url origin ***:immcantation/immcantation.git

文档资源

完整的使用文档、API文档和多个教程可在以下位置找到：

• Immcantation文档门户

注意事项

• 仓库已迁移至新地址: [***]
• 必须指定具体版本标签拉取镜像，不支持latest标签
• 开发版本(devel)可能包含未稳定的功能，生产环境建议使用***发布版本