Coffee RNA-seq流程Docker镜像文档

镜像概述

本Docker镜像为Coffee RNA-seq比对和定量流程提供预配置的运行环境及工具集合，集成了流程所需的全部依赖组件，旨在简化RNA测序（RNA-seq）数据的比对与定量分析流程，确保分析环境的一致性和可重复性。

核心功能与特性

• 预配置流程环境：内置Coffee RNA-seq流程所需的全部依赖库及工具，无需手动安装配置
• 集成关键工具：包含RNA-seq数据分析必需的比对工具、定量工具及质量控制组件
• 环境一致性：标准化运行环境，避免因系统差异导致的分析结果不一致问题
• 简化工作流：开箱即用，减少流程搭建时间，专注于数据分析本身

使用场景与适用范围

• 适用人群：生物信息学研究者、分子生物学实验室科研人员、RNA-seq数据分析人员
• 应用场景：
  • RNA-seq数据的基因表达定量分析
  • 转录本比对与组装
  • 基于Coffee流程的标准化RNA-seq数据分析
• 适用数据类型：Illumina等平台产生的RNA-seq原始测序数据（fastq格式）

使用方法与配置说明

基本使用命令

docker
docker run -it --rm \
  -v /path/to/input/data:/data/input \
  -v /path/to/output/results:/data/output \
  coffee-rna-seq-pipeline:latest \
  coffee_pipeline --input /data/input --output /data/output [其他参数]

参数说明

• -v /path/to/input/data:/data/input：挂载本地输入数据目录至容器内/data/input路径
• -v /path/to/output/results:/data/output：挂载本地输出结果目录至容器内/data/output路径
• coffee_pipeline：容器内Coffee流程的主执行命令
• --input：指定输入数据路径（容器内路径，对应本地挂载的/path/to/input/data）
• --output：指定结果输出路径（容器内路径，对应本地挂载的/path/to/output/results）

环境变量配置

示例：完整数据分析流程

1. 准备本地数据目录结构：

   bash
   mkdir -p ./input ./output
   # 将fastq格式原始数据放入./input目录
   

2. 执行Docker容器运行流程：

   docker
   docker run -it --rm \
     -v $(pwd)/input:/data/input \
     -v $(pwd)/output:/data/output \
     -e THREADS=8 \
     coffee-rna-seq-pipeline:latest \
     coffee_pipeline --input /data/input --output /data/output --quant-mode gene
   

3. 流程完成后，结果文件将保存至本地./output目录

注意事项

• 输入数据需为符合Coffee流程要求的fastq格式文件，建议提前进行质量控制
• 参考基因组数据库已预置于容器内/opt/coffee/reference路径，如需使用自定义参考基因组，可通过-v参数挂载外部参考基因组目录并设置REFERENCE_DB环境变量
• 运行大规模数据时，建议根据服务器配置调整THREADS环境变量以优化性能