ebispot/gwas-curation-ui Docker 镜像 - 轩辕镜像

GWAS Curation Client UI 镜像文档

1. 镜像概述和主要用途

本镜像是一个GWAS（全基因组关联研究）数据整理客户端用户界面（UI），旨在为研究人员和数据分析师提供直观、高效的工具，支持GWAS数据的整理、管理和处理流程。通过该UI，用户可简化GWAS数据的标准化、验证和整合工作，降低手动操作复杂度，提升数据整理的准确性和效率，适用于各类GWAS研究项目的数据预处理阶段。

2. 核心功能和特性

• 数据导入与导出：支持多种GWAS数据格式（如VCF、CSV、TSV、BED等）的导入和导出，适配不同数据来源及下游分析需求。
• 数据整理与标准化：提供数据字段映射、格式转换、缺失值处理等功能，实现GWAS数据的标准化整理与统一。
• 数据验证与质量控制：内置样本ID校验、基因型数据验证、元数据完整性检查等机制，保障数据准确性。
• 元数据管理：支持实验设计、样本信息、表型数据等元数据的录入、编辑和查询，构建完整的GWAS数据元信息库。
• 可视化展示：通过统计图表（如样本分布、等位基因频率分布）直观展示数据特征及整理结果。
• 用户权限控制：支持多用户管理，可配置管理员、分析师、只读用户等角色权限，保障数据安全。
• 跨平台兼容性：基于Docker容器化部署，兼容Linux、Windows、macOS等操作系统，降低环境配置复杂度。

3. 使用场景和适用范围

3.1 适用场景

• GWAS项目数据预处理：对原始测序数据、基因型数据进行整理和标准化，为关联分析做准备。
• 多中心数据整合：整合不同研究中心、批次的GWAS数据，统一格式与标准。
• 数据共享与协作：支持团队内数据整理协作，共享整理后的GWAS数据及元信息。
• 数据存档与回溯：结构化存储整理后数据，便于数据追溯和重复分析。

3.2 适用人群与机构

• 基因组学研究机构、生物信息学实验室、高校科研团队
• 医院遗传学部门、药企研发中心
• 研究人员、生物信息学家、数据分析师、实验室技术人员

4. 使用方法和配置说明

4.1 前提条件

• 已安装Docker Engine（20.10+版本）
• （可选）已安装Docker Compose（用于多容器协同部署）
• 服务器/本地环境：≥2GB内存，≥10GB可用磁盘空间

4.2 Docker运行示例

4.2.1 基础运行命令

bash
docker run -d \
  --name gwas-curation-ui \
  -p 8080:80 \  # 端口映射（宿主机端口:容器内端口）
  -v /path/to/local/data:/app/data \  # 挂载本地目录存储数据（替换/path/to/local/data为实际路径）
  -e LOG_LEVEL=INFO \  # 日志级别
  gwas-curation-client-ui:latest

启动后，通过浏览器访问 http://localhost:8080 即可打开UI界面。

4.2.2 连接外部数据库的运行示例

若需连接外部数据库（如PostgreSQL）存储元数据，配置数据库连接参数：

bash
docker run -d \
  --name gwas-curation-ui \
  -p 8080:80 \
  -v /path/to/local/data:/app/data \
  -e DB_HOST=db.example.com \  # 数据库主机地址
  -e DB_PORT=5432 \  # 数据库端口
  -e DB_NAME=gwas_curation \  # 数据库名称
  -e DB_USER=admin \  # 数据库用户名
  -e DB_PASSWORD=secure_password \  # 数据库密码
  -e LOG_LEVEL=DEBUG \  # 调试模式日志级别
  gwas-curation-client-ui:latest

4.3 Docker Compose配置示例

如需与数据库协同部署，使用docker-compose.yml：

yaml
version: '3.8'
services:
  gwas-curation-ui:
    image: gwas-curation-client-ui:latest
    container_name: gwas-curation-ui
    ports:
      - "8080:80"
    volumes:
      - ./data:/app/data  # 本地数据目录（当前目录下data文件夹）
    environment:
      - DB_HOST=postgres
      - DB_PORT=5432
      - DB_NAME=gwas_curation
      - DB_USER=admin
      - DB_PASSWORD=secure_password
      - LOG_LEVEL=INFO
    depends_on:
      - postgres  # 依赖PostgreSQL服务
    restart: unless-stopped

  postgres:
    image: postgres:14
    container_name: gwas-curation-db
    environment:
      - POSTGRES_DB=gwas_curation
      - POSTGRES_USER=admin
      - POSTGRES_PASSWORD=secure_password
    volumes:
      - postgres_data:/var/lib/postgresql/data  # 数据库数据持久化
    restart: unless-stopped

volumes:
  postgres_data:  # 定义PostgreSQL数据卷

通过docker-compose up -d启动服务栈，docker-compose down停止服务。

4.4 配置参数说明

4.5 数据持久化

通过-v /path/to/local/data:/app/data挂载本地目录至容器/app/data，用于存储导入的GWAS数据、配置文件及日志，避免容器重启后数据丢失。

5. 注意事项

• 首次启动时，系统初始化默认管理员账户（用户名：admin，密码：admin123），建议登录后立即修改密码。
• 大规模GWAS数据（>10GB）建议配置≥8GB内存及SSD存储，以保证操作流畅性。
• 数据库连接信息需准确配置，否则UI可能无法启动或保存数据。