cBioPortal Docker镜像文档

1. 镜像概述和主要用途

cBioPortal Docker镜像是癌症基因组学数据门户（cBioPortal for Cancer Genomics）的容器化部署方案，提供后端服务支持。该平台主要用于大规模癌症基因组学数据集的可视化、分析和下载，支持研究人员、临床医生和开发者搭建私有实例或进行定制化开发。

2. 核心功能和特性

• 数据处理与集成：支持多种癌症基因组学数据格式的导入与标准化处理
• 可视化分析：提供基因变异、拷贝数变异、表达谱等多维度数据的交互式可视化
• API服务：提供后端RESTful API，支持前端及第三方工具的数据访问
• 可扩展性：模块化架构设计，支持功能扩展和定制化开发
• 容器化部署：通过Docker实现快速环境搭建，简化依赖管理

3. 使用场景和适用范围

• 研究机构：搭建私有cBioPortal实例，管理和分析内部癌症基因组学数据
• 开发者：进行后端功能开发、bug修复或性能优化
• 数据分析师：通过API接口集成cBioPortal数据到自定义分析流程
• 教学与演示：快速部署测试环境，展示癌症基因组学数据门户功能

4. 组件架构

cBioPortal采用多组件架构，主要包括：

• 后端服务：本仓库提供的核心服务，基于Java Spring Boot开发，处理数据逻辑和API请求
• 前端应用：独立维护于cbioportal-frontend仓库，负责用户界面交互
• 数据库：存储基因组学数据和元数据，支持PostgreSQL等关系型数据库
• 会话服务：独立维护于session-service仓库，管理用户会话

详细架构参考***架构文档。

5. 详细使用方法和配置说明

5.1 环境准备

• 安装Docker和Docker Compose（参考Docker***文档）
• 参考Docker部署文档完成数据库初始化

5.2 构建自定义后端镜像

如需基于源码修改后端并构建自定义镜像，执行以下命令：

bash
docker build -t cbioportal/cbioportal:my-dev-cbioportal-image -f docker/web-and-data/Dockerfile .

其中：

• -t cbioportal/cbioportal:my-dev-cbioportal-image：指定镜像名称和标签
• -f docker/web-and-data/Dockerfile：指定后端服务Dockerfile路径

5.3 运行后端服务

5.3.1 基本运行

基于自定义镜像启动后端服务（需先完成数据库部署）：

bash
docker run -d \
  --name cbioportal-backend \
  -p 8080:8080 \
  --link cbioportal-db:db \  # 链接数据库容器（假设数据库容器名为cbioportal-db）
  cbioportal/cbioportal:my-dev-cbioportal-image

5.3.2 调试配置

如需启用远程调试，修改JAVA_OPTS环境变量并暴露调试端口：

bash
docker run -d \
  --name cbioportal-backend-dev \
  -p 8080:8080 \
  -p 5005:5005 \  # 暴露调试端口
  -e "JAVA_OPTS=-Xdebug -Xrunjdwp:transport=dt_socket,server=y,suspend=n,address=5005" \
  --link cbioportal-db:db \
  cbioportal/cbioportal:my-dev-cbioportal-image

IDE连接配置示例（VSCode）：
在.vscode/launch.json中添加调试配置：

json
{
  "version": "0.2.0",
  "configurations": [
    {
      "type": "java",
      "name": "Debug (Attach)",
      "request": "attach",
      "hostName": "localhost",
      "port": 5005,
      "projectName": "cbioportal"
    }
  ]
}

6. 配置参数说明

7. 分支信息

8. 发布信息

• 发布说明：详见GitHub Releases
• 用户公告：详见cBioPortal News
• Docker镜像：所有标签可在Docker Hub获取

9. 相关仓库

10. 许可证

详见LICENSE文件。