antismash/standalone

***antiSMASH CLI独立Docker镜像，包含CLI应用、所有依赖及ClusterBlast和PFAM数据库，无需额外下载即可运行antiSMASH分析。

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antiSMASH CLI ***独立Docker镜像

镜像概述和主要用途

本镜像为antiSMASH CLI（次生代谢物生物合成基因簇预测工具）的***独立Docker镜像，用于便捷运行antiSMASH命令行分析。镜像已预装所有必要依赖及ClusterBlast、PFAM数据库，无需额外下载即可直接使用，适合生物信息学研究中次生代谢物基因簇的预测与分析场景。

核心功能和特性

支持：antiSMASH维护的独立运行环境，确保工具版本与功能稳定性
完整依赖集成：包含CLI应用程序及所有运行所需依赖组件，无需手动配置
内置数据库：集成ClusterBlast和PFAM数据库，省去单独下载数据库的步骤
即开即用：拉取镜像后无需额外安装，可直接启动antiSMASH分析流程

使用场景和适用范围

适用于需要通过命令行运行antiSMASH进行次生代谢物生物合成基因簇预测的场景，包括但不限于：

微生物基因组次生代谢物潜力分析
生物信息学研究中基因簇结构与功能预测
大规模基因组数据的自动化antiSMASH批量分析

使用方法和配置说明

基本使用流程

拉取镜像（具体命令需参考Docker Hub或***仓库指引）
准备运行环境：如需简化操作，可下载***提供的run wrapper脚本
执行分析：通过Docker命令或wrapper脚本启动容器，传入待分析的基因组数据及参数

注意事项

镜像体积说明：因包含完整数据库，镜像文件体积较大，建议确保本地存储空间充足
运行依赖：需提前安装Docker环境，且容器运行时需映射本地数据目录以实现文件输入输出
详细操作指南：完整使用说明可参考***文档：Running antiSMASH standalone from Docker

运行示例（参考）

建议使用***提供的run wrapper脚本简化执行流程，典型使用方式如下（具体参数需根据分析需求调整）：

bash
# 下载run wrapper脚本
wget [***]
chmod +x run_antismash

# 运行antiSMASH分析（示例命令，具体参数参考脚本说明）
./run_antismash <输入文件路径> <输出目录路径> [其他antiSMASH参数]

重要提示

容器运行时需正确映射本地文件系统路径，确保输入文件可访问且输出目录有写入权限
镜像包含大型数据库，首次启动可能需要较长时间加载数据，建议在性能较好的环境中使用

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Apache OpenWhisk是开源分布式Serverless平台，通过Docker容器管理基础设施、服务器和扩展，响应事件执行函数，让开发者专注于构建高效应用。

独立运行GreenMail邮件测试服务，基于Azul Zulu OpenJDK基础镜像，适用于邮件功能开发与测试场景。

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适用于会议、节日活动、音乐会、科技活动、演出、研讨会等各类活动的票务销售应用。

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上次更新：1 天前

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oldzhang

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常见问题

Q1:轩辕镜像免费版与专业版有什么区别？

免费版仅支持 Docker Hub 加速，不承诺可用性和速度；专业版支持更多镜像源，保证可用性和稳定速度，提供优先客服响应。

Q2:轩辕镜像免费版与专业版有分别支持哪些镜像？

免费版仅支持 docker.io；专业版支持 docker.io、gcr.io、ghcr.io、registry.k8s.io、nvcr.io、quay.io、mcr.microsoft.com、docker.elastic.co 等。

Q3:流量耗尽错误提示

当返回 402 Payment Required 错误时，表示流量已耗尽，需要充值流量包以恢复服务。

Q4:410 错误问题

通常由 Docker 版本过低导致，需要升级到 20.x 或更高版本以支持 V2 协议。

Q5:manifest unknown 错误

先检查 Docker 版本，版本过低则升级；版本正常则验证镜像信息是否正确。

Q6:镜像拉取成功后，如何去掉轩辕镜像域名前缀？

使用 docker tag 命令为镜像打上新标签，去掉域名前缀，使镜像名称更简洁。

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