antismash/standalone Docker 镜像 - 轩辕镜像

antiSMASH CLI 官方独立Docker镜像

镜像概述和主要用途

本镜像为antiSMASH CLI（次生代谢物生物合成基因簇预测工具）的官方独立Docker镜像，用于便捷运行antiSMASH命令行分析。镜像已预装所有必要依赖及ClusterBlast、PFAM数据库，无需额外下载即可直接使用，适合生物信息学研究中次生代谢物基因簇的预测与分析场景。

核心功能和特性

• 官方支持：antiSMASH官方维护的独立运行环境，确保工具版本与功能稳定性
• 完整依赖集成：包含CLI应用程序及所有运行所需依赖组件，无需手动配置
• 内置数据库：集成ClusterBlast和PFAM数据库，省去单独下载数据库的步骤
• 即开即用：拉取镜像后无需额外安装，可直接启动antiSMASH分析流程

使用场景和适用范围

适用于需要通过命令行运行antiSMASH进行次生代谢物生物合成基因簇预测的场景，包括但不限于：

• 微生物基因组次生代谢物潜力分析
• 生物信息学研究中基因簇结构与功能预测
• 大规模基因组数据的自动化antiSMASH批量分析

使用方法和配置说明

基本使用流程

1. 拉取镜像（具体命令需参考Docker Hub或官方仓库指引）
2. 准备运行环境：如需简化操作，可下载官方提供的run wrapper脚本
3. 执行分析：通过Docker命令或wrapper脚本启动容器，传入待分析的基因组数据及参数

注意事项

• 镜像体积说明：因包含完整数据库，镜像文件体积较大，建议确保本地存储空间充足
• 运行依赖：需提前安装Docker环境，且容器运行时需映射本地数据目录以实现文件输入输出
• 详细操作指南：完整使用说明可参考官方文档：Running antiSMASH standalone from Docker

运行示例（参考）

建议使用官方提供的run wrapper脚本简化执行流程，典型使用方式如下（具体参数需根据分析需求调整）：

bash
# 下载run wrapper脚本
wget [***]
chmod +x run_antismash

# 运行antiSMASH分析（示例命令，具体参数参考脚本说明）
./run_antismash <输入文件路径> <输出目录路径> [其他antiSMASH参数]

重要提示

• 容器运行时需正确映射本地文件系统路径，确保输入文件可访问且输出目录有写入权限
• 镜像包含大型数据库，首次启动可能需要较长时间加载数据，建议在性能较好的环境中使用